정보과학회 논문지 B : 소프트웨어 및 응용
Current Result Document : 33 / 34
| 한글제목(Korean Title) |
2-계층 레이아웃을 이용한 2.5차원 대사 경로 드로잉 |
| 영문제목(English Title) |
2.5D Metabolic Pathway Drawing based on 2-layered Layout |
| 저자(Author) |
송은하
함성일
이상호
박현석
Eun-Ha Song
Sung-il Ham
Sang-Ho Lee
Hyun-Seok Park
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| 원문수록처(Citation) |
VOL 36 NO. 11 PP. 0875 ~ 0890 (2009. 11) |
한글내용
(Korean Abstract) |
대사체학은 대사 경로 네트워크를 통해 생명 활동을 이해하고자 하는 분야로서, 대사 경로 내의 흐름을 한 눈에 알 수 있도록 가시화하여 보여 주는 도구가 반드시 필요하다. 이러한 가시화 도구의 경우 노드수가 증가할수록 에지 교차가 기하급수적으로 증가하는 문제가 있다. 따라서 유전체 수준의 대사 경로를 연구하기 위해서는 대사 경로 그래프 레이아웃 상에 나타나는 에지 교차를 줄이는 것이 시각화의 매우 중요한 부분이다.
본 논문에서는 대사 경로의 구조적인 특징에 기반한 3차원 공간 상에 대사 경로 그래프를 레이아웃해 주는 모듈을 설계, 구현하였다. 2-계층 레이아웃을 이용하여 대사 경로 그래프를 계층적으로 레이아웃함으로써 표현영역을 3차원으로 확장시키고 기존의 2차원 레이아웃 알고리즘 적용시 빈번히 나타나는 에지 교차의 수를 감소시키는 결과를 얻었다.
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영문내용
(English Abstract) |
Metabolimics interprets an organism as a network of functional units and an organism is represented by a metabolic pathway i.e., well-displayed graph. So a software tool for drawing pathway is necessary to understand it comprehensively. These tools have a problem that edgecrossings exponentially increase as the number of nodes grows. To apply automatic graph layout techniques to the genome-scale metabolic flow, it is very important to reduce unnecessary edgecrossing on a metabolic pathway layout.
In this paper, we design and implement 2.5D metabolic pathway layout modules. Metabolic pathways are represented hierarchically by making use of the ‘2-layered layout algorithm’ in 3D. It enhances the readability and reduces unnecessary edge-crossings by using 3D layout modules instead of 2D layout algorithms.
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| 키워드(Keyword) |
생물정보학
대사 경로
그래프 드로잉
에지 교차
가독성
2-계층 레이아웃
bioinformatics
metabolic pathway
graph drawing
edge-crossing
readability
2-layered-layout
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