데이터베이스 연구회지(SIGDB)
Current Result Document :
| 한글제목(Korean Title) |
생물학적 반응 네트워크에 대한 모델링 및 시뮬레이션 시스템 |
| 영문제목(English Title) |
생물학적 반응 네트워크에 대한 모델링 및 시뮬레이션 시스템 |
| 저자(Author) |
박준호
임종태
김동주
이윤정
안민제
류은경
차재홍
유석종
유재수
Junho Park
Jongtae Lim
Dongjoo Kim
Yunjeong Lee
Minje Ahn
Eunkyung Ryu
Jaehong Cha
Seokjong Yu
Jaesoo Yoo
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| 원문수록처(Citation) |
VOL 28 NO. 02 PP. 0083 ~ 0095 (2012. 08) |
한글내용
(Korean Abstract) |
생명 현상을 지속하기 위해 생체는 유전자 발현 조절에서부터 신호전달 작용까지 복잡한 조절기작으로 구성 된다. 이와 같은 생명현상을 이해하기 위해서는 생명현상을 측정하기 위한 새로운 실험 방법과 정밀한 분석법이 필요할 뿐만 아니라 조절기작에 대한 반응 모델링 기법과 전산모사에 대한 통합적인 분석도구의 요구도 증가하고 있다. 본 논문에서는 유전체에서부터 유전자 발현 및 신호전달과정에 이르는 다양한 세포내의 반응을 통합적으로 모델링하고, 상미분방정식 기반의 전산모사를 동시에 수행할 수 있는 시스템을 설계하고 구현한다. 또한 향후 다양한 기능 확장을 보장하기 위해서 플러그인 기반의 설계를 적용하여 각각의 모듈을 추가할 수 있도록 설계한다. 제안하는 시스템은 세포 내의 모든 객체에 대한 모델링을 비롯한 선진 소프트웨어에서 제공하는 대부분의 모델링을 지원하며, 이에 따른 시뮬레이션 및 결과 가시화가 가능하다. 특히, 기존의 선진시스템에서 제공하지 않은 유전체 정보 가시화 기능과 화합물 정보를 활용 기능을 제공함으로써 개발 초기의 시스템으로서는 기존 선진 시스템과 비교하여 수준 높은 기능을 제공한다. 이를 통해 연구자는 유전체 정보로부터 신호전달 네트워크까지 세포 내 조절기작을 통합적으로 모델링하고 정보를 관리할 수 있다. 또한 전산모사를 통해 조절기작의 이해는 물론 향후 상호작용을 분석할 수 있는 도구로 활용될 수 있다.
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영문내용
(English Abstract) |
A living body is composed of complicated regulation mechanisms ranging from gene regulations to signal transduction to sustain its life. For understanding such life phenomena, an integrated analysis tool that performs techniques and computer simulations on the regulation mechanisms of biological reactions as well as new experimental methods for measuring biological phenomena and high?precision analysis methods is absolutely required the increase. In this paper, we design and implement a modeling and simulation system for biological reaction networks. The system simultaneously perform an integrated modeling of various responses occurring inside cells, ranging from genomes to gene expressions and signaling processes and computer simulations based on ordinary differential equations. In addition, its plug?in?based modular design framework allows various functional expansions. A researcher may perform the integrated modeling and information management of the regulation mechanisms from genome information to signaling networks through the software. Moreover, it can be utilized as a tool capable of analyzing the interactions between regulation mechanisms as well as the understanding of the regulation mechanisms using computer simulations in the future.
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| 키워드(Keyword) |
시스템생물학
전산모사
생물학적 네트워크
신호전이분석
Systems Biology
Simulation
Biological Network
Signal Transduction Analysis
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