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| 한글제목(Korean Title) |
현대 CPU를 이용한 BWT-SW 알고리즘 가속화 기법 연구 |
| 영문제목(English Title) |
Accelerating BWT-SW algorithm with Modern CPU |
| 저자(Author) |
김호현. 이진호
Hohyun Kim
Jinho Lee
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| 원문수록처(Citation) |
VOL 48 NO. 02 PP. 0010 ~ 0012 (2021. 12) |
한글내용
(Korean Abstract) |
현대 과학과 의학의 기초가 되는 게놈 analysis는 게놈 assembly 과정 중에서도 sequence alignment에서 병목지점을 갖고 있다. 이를 해결하기 위한 많은 연구가 진행되었고 많은 알고리즘이 개발되었는데 그 중에서도 BWT-SW는 Dynamic Programming을 이용하여 alignment를 수행하는 알고리즘이다. 본 연구에서는 BWT-SW를 thread pool을 활용해 병렬 처리하여 work load balance를 맞추면서 동기화 문제를 해결해 ×1.2~×2.5의 속도향상을 얻었다. |
영문내용
(English Abstract) |
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| 키워드(Keyword) |
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