정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 (KIISE Transactions on Computing Practices)
Current Result Document :
| 한글제목(Korean Title) |
시퀀스 유사도에 기반한 유전체 데이터베이스 압축 및 영향 분석 |
| 영문제목(English Title) |
The Analysis of Genome Database Compaction based on Sequence Similarity |
| 저자(Author) |
권선영
이병한
박승현
조정희
윤성로
Sunyoung Kwon
Byunghan Lee
Seunghyun Park
Jeonghee Jo
Sungroh Yoon
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| 원문수록처(Citation) |
VOL 23 NO. 04 PP. 0250 ~ 0255 (2017. 04) |
한글내용
(Korean Abstract) |
유전체 데이터의 급증 및 정밀의료 등 응용 분야 확대에 따라 유전체 데이터베이스의 효율적 관리에 대한 중요성이 커지고 있다. 전통적인 압축 기법을 통해 유전체 데이터를 압축할 경우, 압축효과는 크지만, 압축된 상태에서 데이터베이스를 비교하거나 검색하는 등의 작업이 용이하지 않게 된다. 유전체 데이터 분석에 소요되는 시간은 데이터베이스에 존재하는 시퀀스 수에 비례하며, 중복되거나 유사한 시퀀스가 다수 존재한다는 점에 착안하여, 본 논문에서는 유전체 데이터베이스 상에 존재하는 유사 시퀀스를 제거함으로써 전체 데이터베이스 크기를 줄이는 기법을 제안한다. 실험을 통해 시퀀스 유사도 1% 기준으로도 전체의 약 84% 시퀀스가 제거되며, 약 10배 빠른 분류분석이 가능함을 보인다. 또한 큰 폭의 압축효과에도 불구하고, 범주 다양성 및 분류 분석 등에 미치는 변화가 미미함을 확인함으로써, 시퀀스 유사도 기반의 제안 압축 기법이 유전체 데이터베이스 압축에 효과적인 방법임을 제시한다.
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영문내용
(English Abstract) |
Given the explosion of genomic data and expansion of applications such as precision medicine, the importance of efficient genome-database management continues to grow. Traditional compression techniques may be effective in reducing the size of a database, but a new challenge follows in terms of performing operations such as comparison and searches on the compressed database. Based on that many genome databases typically have numerous duplicated or similar equences, and that the runtime of genome analyses is normally proportional to the number of sequences in a database, we propose a technique that can compress a genome database by eliminating similar entries from the database. Through our experiments, we show that we can remove approximately 84% of sequences with 1% similarity threshold, accelerating the downstream classification tasks by approximately 10 times. We also confirm that our compression method does not significantly affect the accuracy of taxonomy diversity assessments or classification.
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| 키워드(Keyword) |
시퀀스
유전체
데이터베이스
압축
유사도
cd-hit-est
sequence
genome
database
compression
similarity
cd-hit-est
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