정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지 (KIISE Transactions on Computing Practices)
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| 한글제목(Korean Title) |
탠덤 질량 분석을 위한 디코이 데이터베이스 생성 방법의 중복성 관점에서의 성능 평가 |
| 영문제목(English Title) |
Evaluation of the Redundancy in Decoy Database Generation for Tandem Mass Analysis |
| 저자(Author) |
이홍란
류단휘
이기욱
황규백
Honglan Li
Duanhui Liu
Kiwook Lee
Kyu-Baek Hwang
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| 원문수록처(Citation) |
VOL 22 NO. 01 PP. 0056 ~ 0060 (2016. 01) |
한글내용
(Korean Abstract) |
탠덤 질량 분석에서는 신뢰도 높은 펩타이드 동정을 위해 목표 데이터베이스의 참조 단백질 순서를 재배치한 디코이 데이터베이스가 주로 이용된다. 한편 목표 데이터베이스와 디코이 데이터베이스 사이 혹은 디코이 데이터베이스 내부에 서열이 동일한 중복 펩타이드가 존재할 수 있으며, 이는 단백질 동정을 어렵게 하는 요인이 된다. 따라서 디코이 데이터베이스의 중복성을 최소화하는 것은 중요한 문제이다. 본 논문에서는 디코이 데이터베이스 생성에 널리 사용되는 의사셔플(pseudo-shuffling)과 의사역순(pseudo-reversing) 방법이 디코이 데이터베이스의 중복성에 미치는 영향을 조사하였다. 실험 결과, 목표 데이터베이스 크기와 데이터베이스 생성 시 허용되는 ‘missed cleavage site’의 최대 개수는 중복성을 증가시킴을 확인하였다. 또한 동일한 조건에서는 의사역순 방법이 의사셔플보다 항상 낮은 수준의 중복성을 가지는 디코이 데이터베이스를 생성하였다.
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영문내용
(English Abstract) |
Peptide identification in tandem mass spectrometry is usually done by searching the spectra against target databases consisting of reference protein sequences. To control false discovery rates for high-confidence peptide identification, spectra are also searched against decoy databases constructed by permuting reference protein sequences. In this case, a peptide of the same sequence could be included in both the target and the decoy databases or multiple entries of a same peptide could exist in the decoy database. These phenomena make the protein identification problem complicated. Thus, it is important to minimize the number of such redundant peptides for accurate protein identification. In this regard, we examined two popular methods for decoy database generation: ‘pseudo-shuffling’ and ‘pseudo-reversing’. We experimented with target databases of varying sizes and investigated the effect of the maximum number of missed cleavage sites allowed in a peptide (MC), which is one of the parameters for target and decoy database generation. In our experiments, the level of redundancy in decoy databases was proportional to the target database size and the value of MC, due to the increase in the number of short peptides (7 to 10 AA). Moreover, ‘pseudo-reversing’ always generated decoy databases with lower levels of redundancy compared to ‘pseudo-shuffling’.
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| 키워드(Keyword) |
탠덤 질량 분석
펩타이드 동정
단백질 동정
목표 데이터베이스
디코이 데이터베이스
중복 펩타이드
tandem mass spectrometry
peptide identification
protein identification
target databases
decoy databases
redundant peptide
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