정보과학회논문지 (Journal of KIISE)
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이전건
| 한글제목(Korean Title) |
분산 슈퍼컴퓨터 기술에 기반한 신약재창출 시뮬레이션 사례 연구 |
| 영문제목(English Title) |
A Case Study of Drug Repositioning Simulation based on Distributed Supercomputing Technology |
| 저자(Author) |
김직수
노승우
이민호
김서영
김상완
황순욱
Jik-Soo Kim
Seungwoo Rho
Minho Lee
Seoyoung Kim
Sangwan Kim
Soonwook Hwang
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| 원문수록처(Citation) |
VOL 42 NO. 01 PP. 0015 ~ 0022 (2015. 01) |
한글내용
(Korean Abstract) |
본 논문에서는 규모의 계산 작업을 고성능으로 처리해야 하는 신약재창출 시뮬이션 분야에 분산 슈퍼컴퓨 기술을 용한 사례에 해 논의하고자 한다. 신약재창출이란 기존에 알려진 약물의 새로운 응증을 규명하는 것을 의미하며, 이러한 신약재창출은 비교 짧은 수행시간을 갖는 규모의 도킹 (docking) 연산들을 고성능으로 처리해야한다는 에서 Many-Task Computing (MTC) 성격을 지니고 있 다. 이러한 MTC 응용들의 표 사례로서 신약재창출 시뮬이션을 분산 슈퍼컴퓨 환경 기반의 HTCaaS 시스템에 용하으며, 이를 통해 효율인 작업 배포, 동인 자원 할당 로드 밸런싱, 안정성 다양한 자원들의 효율인 통합 등이 이러한 과학 응용들을 지원하는 데 있어 필수인 기능임을 확인할 수 있었다.
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영문내용
(English Abstract) |
In this paper, we present a case study for a drug repositioning simulation based on distributed supercomputing technology that requires highly efficient processing of large-scale computations. Drug repositioning is the application of known drugs and compounds to new indications (i.e., new diseases), and this process requires efficient processing of a large number of docking tasks with relatively short per-task execution times. This mechanism shows the main characteristics of a Many-Task Computing (MTC) application, and as a representative case of MTC applications, we have applied a drug repositioning simulation in our HTCaaS system which can leverage distributed supercomputing infrastructure, and show that efficient task dispatching, dynamic resource allocation and load balancing, reliability, and seamless integration of multiple computing resources are crucial to support these challenging scientific applications.
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| 키워드(Keyword) |
신약재창출
Many-Task Computing 응용
분산 슈퍼컴퓨
HTCaaS
drug repositioning
MTC application
distributed supercomputing
HTCaaS
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