정보과학회 논문지 B : 소프트웨어 및 응용
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| 한글제목(Korean Title) |
컴퓨터 모델링을 이용한 RNA 분자의 이차 구조 예측 |
| 영문제목(English Title) |
Prediction of the RNA Secondary Structure Using Computer Modeling |
| 저자(Author) |
한경숙
김홍진
Kyungsook Han
Hongjin Kim
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| 원문수록처(Citation) |
VOL 23 NO. 01 PP. 0075 ~ 0084 (1996. 01) |
한글내용
(Korean Abstract) |
RNA 분자의 생물학적 기능은 그 분자의 구조에 의해 결정되기 때문에 구조를 알아내는 것은 RNA를 이해하는데 중요하다. 본 논문은 RNA의 이차 구조 모델을 생성하고 그 구조의 형성 과정을 모의 실험하기 위한 모델링 시스템을 기술한다. Folder라고 불리는 이 모델링 시스템은 에너지 모델의 수치를 그대로 이용하지 않고, 그 값의 근사치를 다른 출처에서의 지식정보와 합쳐서 사용한다. RNA 분자의 구조 형성 과정은, RNA 성장의 중간 단계에서 취하게 될 일련의 구조들을 추정함으로써 모의실험되었다. Folder의 장점은 (1) 예측 결과가 불완전한 데이터에 민감하지 않고, (2) 여러 종류의 RNA의 구조를 예측하는데 사용될 수 있고, (3) 다른 방법이 한 개의 RNA의 구조를 예측하기 위해 필요로 하는 시간과 공간 량만을 소요하여 여러 개의 RNA에 공통된 구조를 예측한다는 것이다.
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영문내용
(English Abstract) |
The folding structure of RNA determines its biological function, and therefore predicting the folding structure is important for understanding RNA. This paper describes a modeling system called Folder which automates the process of model-building and simulation of RNA secondary structure formation in a unified framework. Folder does not make a commitment to the numeric values of the energy model, but uses approximation of the model and combines it with knowledge from other sources the structure formation process of RNA is simulated by producing a series of structures at intermediate stage of the RNA chain's growth. Major strengths of Folder are: (1) its prediction is not sensitive to imperfect data, (2) it is made general so as to be widely applicable to many different types of RNAs, and (3) it predicts secondary structures common to multiple RNA sequences in the same amount of time and space as those for folding a single sequence by conventional methods.
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